Родился 26 августа 1958 года в Омске.

После окончания в 1980 году радиотехнического факультета Омского политехнического института (специальность «конструирование и производство радиоаппаратуры») поступил в аспирантуру Московского института народного хозяйства имени Плеханова. В 1986 году защитил диссертацию на тему «Управление организационным развитием производственно-хозяйственных комплексов», став кандидатом экономических наук.

В 1987 году вернулся в Омский политехнический институт, где вскоре стал заместителем декана факультета автоматизации. С самого начала своей преподавательской деятельности заявил себя как педагог-экономист и научный работник. Активно участвовал в организационно-деятельных играх и семинарах Г.П. Щедровицкого, П.Г. Щедровицкого и С.В. Попова.

В тот же период занялся профессиональным консалтингом. В 1988 году совместно с администрацией Омска был создан Центр методологических исследований, консультирования и обучения. Одной из серьезных работ центра была проведенная, совместно с Межрегиональной методологической ассоциацией С.В. Попова, в 1990 году «Экспертиза состояния и перспектив развития города Омска в условиях рыночных реформ».

В 1990 году поступил в докторантуру Российской экономической академии имени Г.В. Плеханова, которую окончил в 1993 году.

В 1996-2000 годах занимал должность генерального директора ОАО «Сибирский капитал». В 1997 году организовал и возглавил региональную ассоциацию антикризисных управляющих «Содействие».

В 1999 году в качестве эксперта-методолога участвовал (под руководством П.Г. Щедровицкого) в организационно-деятельностной игре по реорганизации открытого акционерного общества «Омскэнерго».

В январе 2000 года Василий Зубакин был приглашен в группу, готовившую план реструктуризации РАО «ЕЭС России». В апреле того же года занял должность сначала заместителя начальника, а затем и начальника департамента экономики холдинга и дочерних обществ ОАО РАО «ЕЭС России» (эту должность он занимал до 2002 года). Занимался постановкой бизнес-процессов планирования, управления издержками, оценки и мотивации менеджеров, в т.ч. с помощью опционной программы). В 2002 году стал начальником департамента управления капиталом РАО ЕЭС, а в 2004 году возглавил департамент обеспечения процессов реформирования компании. Помимо этого, с 2002 года по 2006 год входил в состав правления ОАО РАО «ЕЭС России».

Обобщая опыт участия в реформировании российской электроэнергетике, участвовал как соавтор в написании учебника «Экономика и управление в современной электроэнергетике», под редакцией А.Б. Чубайса (издан НП КОНЦ, Москва, 2009 год).

В 2006 году вошел в правление ОАО «ГидроОГК» – энергетической компании, занимающейся проектированием, строительством и эксплуатацией гидроэлектростанций. В том же году защитил докторскую диссертацию на тему «Модели и методы управления гидроэнергетическими компаниями в условиях либерализации рынка», получив ученую степень доктора экономических наук.

В 2007 году стал заместителем председателя правления ОАО «ГидроОГК». В январе 2008 года был назначен генеральным директором ОАО «Управляющая компания ГидроОГК», а с июня 2008 года по ноябрь 2009 года исполнял обязанности председателя правления ОАО «ГидроОГК», переименованной в это время в ОАО «Российская гидрогенерирующая компания» (РусГидро).

Начиная с 2005 года работает в должности профессора кафедры возобновляемых источников энергии Санкт-Петербургского Политехнического университета.

В настоящее время научные интересы связаны с исследованиями в области комплексного управления рисками в электроэнергетике. С февраля 2010 года возглавляет кафедру математических методов в экономике экономико-математического факультета РЭА им. Г. В. Плеханова, с февраля 2010 года является председателем совета НП «ЭнергоПрофАудит», саморегулирующей организации в области энергоэффективности, с апреля 2010 года возглавляет технический комитет по стандартизации «Процессы, оборудование и энергетические системы на основе возобновляемых источников энергии».